Aujourd’hui, il reste peu de traces des communautés juives disséminées dans les villages des montagnes du Haut Atlas et dans les ksour du Sud du Maroc. La riche collection photographique de Elias Harrus a capté cette population juive diverse et ancienne, dans ces régions où domine la langue berbère, à peine quelques années avant l'émigration massive, surtout vers Israël, au cours des années 1950 et au début des années 1960. Les quelques juifs qui restèrent dans ces communautés rurales se firent rapidement rares et ont aujourd'hui quasiment disparu, mis a part un très petit nombre d’entre eux, vivant encore dans plusieurs villes du Sud.
Quand les juifs arrivèrent-ils dans ces régions rurales éloignées, souvent situées a quelque distance des grandes cités du Maroc ?
Des juifs ont vécu parmi les Berbères, premiers habitants connus de l'Afrique du Nord, depuis l'Antiquité. Les origines du judaïsme marocain sont enveloppées de mystère et font l'objet de nombreuses légendes. Les juifs d'Oufrane (Ifrane), dans les monts de l'Anti-Atlas, soutiennent que leurs ancêtres arrivèrent plus de deux mille cinq cents ans auparavant, fuyant Jérusalem lors de la conquête babylonienne. Les historiens arabes du Moyen-âge furent les premiers à consigner la tradition selon laquelle des tribus berbères (Amazigh; pluriel Imazighen) se seraient converties au judaïsme plusieurs siècles avant l'arrivée de l'islam, au VIIe siècle de l'ère chrétienne. Des documents historiques attestent l'existence de nombreuses communautés juives dans la vallée du Draâ, dans le Sous, dans le Haut Atlas et sur la bordure saharienne depuis le Moyen âge. Bien que les voyageurs du XIXe siècle et les administrateurs de Protectorat du XXe siècle aient considère ces juifs comme isolés du vaste monde, les diverses cultures des juifs de l'arrière-pays berbère indiquent leurs origines variées : israélite et berbère, arabe et séfarade.
Les juifs au Maroc, de même que dans le reste du monde musulman, étaient définis par la loi islamique comme des dhimmis, littéralement “personnes protégées”. Dans d'autres parties du monde musulman, ce statut était également assigné aux chrétiens et parfois à des membres d'autres religions, qui étaient tenues pour légitimes tout en étant inférieures a l'Islam. Au Maroc, seuls les juifs étaient des dhimmis puisque les autres indigènes restés non musulmans avaient disparu durant le Moyen âge. Ce statut légal signifiait que, en échange de l'acquittement d'une capitation annuelle (appelée djizya) dont tout juif adulte de sexe masculin était redevable et de l'acceptation d'un certain nombre d'inhabilités symbolisant l'infériorité des non musulmans, l'état islamique garantissait la protection des communautés juives ainsi que leur droit a pratiquer leur religion. Cependant, dans la plus grande partie de l'arrière-pays berbère du Maroc, particulièrement dans les monts de l'Atlas et sur les marges du Sahara, le contrôle du gouvernement central était très relâché, si ce n'est entièrement absent. On désignait ordinairement ces régions par le terme de bled al-siba ou “pays de la dissidence”, par opposition au bled al-makhzan ou “pays du gouvernement”.

En conséquence, dans la plupart des régions berbères, la protection de la communauté juive incombait davantage au cheikh ou au gouverneur (caïd) de la tribu locale qu'au sultan. La relation entre le cheikh et les juifs se perpétuait de génération en génération et la protection des juifs était considérée comme sacro-sainte. Ce système fonctionnait en raison du rôle important joué par les juifs dans l'économie rurale. Eléments de la société étrangers a la tribu, les juifs vivaient en dehors du système politique des alliances et des rivalités. Les musulmans se fiaient donc à eux, membres neutres de la société, pouvant traverser les frontières tribales et remplir des taches importantes en tant que marchands, colporteurs et artisans itinérants. Le fait que ce rôle d'intermédiaire devait être maintenu dans l'intérêt des factions rivales souligne la fonction vitale occupée par les juifs dans l'économie rurale.
Le quartier juif, connu sous le nom de mellah, désignait à l'origine un quartier de Fès dans lequel les juifs furent contraints de vivre au XVe siècle; le terme de mellah en vint a signifier, dans tout le Maroc, le quartier juif et, par extension, la communauté juive. Dans certains villages et petites villes berbères le mellah était séparé des quartiers musulmans par un mur et un portail. Mais dans la majorité des cas, le terme désignait simplement une ou plusieurs rues, habitées par dix à vingt familles juives et où se trouvait la synagogue. Très souvent, les maisons des juifs jouxtaient celles des musulmans. En comparaison avec la vie des juifs dans les villes plus grandes, les juifs et les musulmans des régions rurales cohabitaient dans le même espace beaucoup plus étroitement, et pacifiquement la plupart du temps.
Les juifs étaient intégrés au tissu culturel du Maroc rural, ils avaient des coutumes communes avec leurs voisins musulmans : l'habillement, la nourriture, la vénération de saints hommes et, à l'occasion, de saintes femmes, ainsi que les rythmes et les modes de la vie quotidienne. Les liens sociaux et économiques entre les juifs et les musulmans dans les régions de culture berbère étaient très étroits, bien que chaque groupe ait aussi gardé des traits culturels distincts et des limites religieuses très strictes. Alors que dans toutes ces régions les juifs parlaient berbère, car d'aussi loin que les gens se souviennent, ils parlaient l'arabe vernaculaire (avec des tournures spécifiquement juives) dans la plupart des mellahs, comme leur langue maternelle. Ils écrivaient en judéo-arabe, employant des caractères hébraïques pour transcrire leur parler marocain. Bien que la nourriture consommée par les juifs ressemblait beaucoup à celle des musulmans, leurs lois alimentaires leur interdisaient de consommer des repas préparés dans des maisons non juives. Par ailleurs, ils pouvaient manger des œufs, des olives, du miel, de l'huile ou des produits laitiers chez leurs voisins. Alors que les costumes des juifs et des musulmans paraissaient très semblables, un examen approfondi révélait presque toujours des signes distinctifs chez les juifs, qu'il s'agisse de la couleur du vêtement du dessus ou bien de la sorte de coiffe portée par les femmes et par les hommes. La loi islamique stipulait que les dhimmis devaient porter un vêtement les distinguant des musulmans (et leur interdisait par exemple le port d'un turban), mais dans le pays berbère, les traits distinctifs permettant de reconnaître les juifs relevaient davantage de la coutume que de l'exigence légale.
Les pratiques religieuses des juifs de l'Atlas et du Sahara étaient communes à tout le monde juif et spécifiques au Maroc dans son ensemble. De même que n'importe qu’ailleurs dans le monde juif, l'étude des textes sacrés était au centre de l'éducation juive, qui commençait avec la mémorisation par cœur de la Torah par les jeunes garçons. Traits communs à toutes les communautés à travers le Maroc, les études cabalistiques, la vénération du Zohar et les pèlerinages annuels (hilloulot) sur les tombes des saints hommes (tsaddiqim) faisaient intégralement partie de la vie religieuse du judaïsme local. Les juifs des régions du Sud avaient le même corpus de poésie liturgique que les juifs des autres régions du Maroc, et aussi leurs propres poètes locaux (payytanim). Tandis que leurs rites et leurs pratiques, scandant les cycles journaliers, hebdomadaires et annuels, différenciaient les juifs de leurs voisins musulmans, les deux communautés s'accommodaient remarquablement du calendrier religieux de l'une et de l'autre, modifiant les modes de leurs rapports à la fois par nécessité et par compréhension mutuelle. Les souks avaient rarement lieu le samedi dans les régions habitées par des juifs : les musulmans avaient adapté leur semaine au jour de repos juif. L'époque de l’anmuggar (terme berbère désignant la saison des récoltes), combinant la foire et le pèlerinage sur la tombe des personnalités révérées, donnait aux juifs l'occasion de faire commerce et de vendre des biens aux pèlerins musulmans, tandis que les musulmans fournissaient de la nourriture et des provisions aux juifs qui fréquentaient les nombreuses hilloulot dans les sanctuaires des saints.
Le dicton, le juif dans le souk, c'est comme le levain dans le pain, a encore cours parmi les habitants du Maroc rural. Les colporteurs juifs, montés sur des ânes ou sur des mules, se rencontraient partout dans l'arrière-pays berbère. Lors du souk hebdomadaire, les artisans juifs itinérants étaient spécialisés dans la réparation d'objets que leur apportaient les musulmans. Les selliers et cordonniers juifs accomplissaient des taches indispensables à la population rurale et, de son côté, le négociant juif contribuait à relier ville et campagne. Mais aucun métier sans doute ne fut autant propre aux juifs que l'orfèvrerie, au point que le terme berbère iskaken (bijoutiers) était synonyme du terme “juifs” dans quelques régions de langue tashelhit (un dialecte berbère), en particulier dans le Haut Atlas. Dans certaines communautés, telles que Tahala dans le Sous, la moitié des hommes juifs étaient orfèvres. La fondation où l'existence même des communautés juives était souvent directement liée aux spécialités professionnelles des juifs, surtout en tant que négociants. Les juifs des monts de l'Anti-Atlas et de la marge nord du désert du Sahara (Akka, Oufrane et Illigh) étaient actifs dans le commerce transsaharien. On trouvait des communautés juives jusqu'à la bordure du Sahara, comme le mellah de Mhamid El-Ghozlane. Quelques individus, tels que le rabbin Mordekhae Abisror d'Akka, qui servit de guide à Charles de Foucauld durant son voyage de 1883, s'aventurèrent jusqu'à Tombouctou.
Au début du protectorat, en 1912, la communauté traversa une période de transition, mais le Protectorat français accéléra le rythme du changement. Les grandes villes en développement attirèrent les pauvres, et les juifs furent au nombre de ceux qui, désirant améliorer leur vie, cherchèrent un gagne-pain dans les régions urbaines. Outre les grandes cités marocaines, les Français développèrent aussi des centres administratifs, tels que Beni Mellal, où naquit Elias Harrus, qui devinrent des villes importantes dans lesquelles des juifs des régions berbères s'établirent et prospérèrent. Ceux qui restèrent dans les petits mellahs des campagnes furent aussi touchés par la modernité. Les juifs des villages berbères furent souvent les agents de la modernisation, les hommes apportant des marchandises modernes sur le marché tandis que les femmes introduisaient dans les villages la technologie moderne, comme la machine à coudre Singer.
Les plus importants agents du changement dans les communautés juives furent peut-être les énergiques directeurs des écoles de l'Alliance israélite universelle (AIU). Cette organisation philanthropique juive fut fondée à Paris en 1860; elle se fixait pour but d'améliorer les conditions de vie des juifs à travers le monde. Le moyen principal employé pour y parvenir fut l'établissement d'un réseau scolaire, surtout dans le monde méditerranéen. Bien que juive, cette organisation s'appliqua à procurer aux coreligionnaires les plus pauvres une éducation laïque calquée sur le système éducatif français de l’époque. Le Maroc, pays du bassin méditerranéen où vivait le plus grand nombre de juifs, devint l’espace d'intervention de l'Alliance. La première école de l'organisation fut établie e Tétouan, en 1862. Dans la seconde moitié du XIXe siècle, et avant le début de la période française, les écoles de l'Alliance s'étaient bien implantées au sein des villes marocaines les plus importantes, formant une nouvelle élite de juifs d'éducation française.
L'établissement du Protectorat français, en 1912, fournit à l'AIU l'occasion de déployer considérablement ses activités au Maroc. Les nouvelles écoles furent fondées dans le sillage de la pacification. Ce n'est qu'au cours des années 1930 que des écoles de l'Alliance furent créées dans le Haut Atlas et dans les régions du Sud, la première d'entre elles en 1932, dans la ville de Demnate; Elias Harrus dirigea cette école de 1940 à 1946. Les efforts pour étendre le réseau scolaire vers le Sud, dans ce que l'Alliance, conformément à la terminologie française, nommait le bled “la campagne” (terme issu de l'arabe marocain et faisant référence à la région ou à la localité d'où l'on était originaire), se trouvèrent suspendus durant la Seconde Guerre mondiale, mais reprirent vers la fin des années 1940. Les juifs, qui étaient demeurés dans l'arrière-pays berbère, et que leurs coreligionnaires des villes percevaient comme restés hors d'atteinte de la modernité, firent l'objet d'efforts redoublés de la part de l'Alliance, aidée financièrement depuis la guerre par l'organisation philanthropique juive American Joint Distribution Committee. Confiante en une vision du progrès qui prévoyait d'inculquer l'éducation moderne et l'alphabétisation aux filles autant qu'aux garçons, la suppression du mariage des enfants et l'européanisation de l'habillement et même des noms, l'Alliance espérait créer une nouvelle génération de juifs marocains qui amélioreraient le niveau de vie de leurs communautés et seraient préparés à évoluer dans un monde plus vaste. Les nouvelles écoles, à Arghen Goundafi, Akka, Illigh, Tinerhir et ailleurs, qui ouvrirent leurs portes dans les années 1950, anticipèrent le fait que de nombreux juifs allaient quitter le Maroc. Moins d'une décennie après que ces écoles eurent ouvert leurs portes, ces communautés pluricentenaires avaient pratiquement disparu en raison de l'émigration.